La tradición de escribir-pintando se mantuvo varios siglos posteriores a la conquista, durante los cuales se elaboraron una gran cantidad de documentos con diversas temáticas: pleitos de tierras, genealogías, registros de tributo, evangelización, testamentos, defensa del patrimonio indígena contra los abusos de funcionarios, manifestando con esta documentación sus derechos y sus privilegios ante las autoridades Virreinales.
La riqueza de esta información permite la consulta de documentos elaborados a partir del siglo XVI.  Asimismo, con este acervo, se pueden analizar los diferentes tipos de letras utilizadas en los manuscritos, las abreviaturas recurrentes por los escribanos, así como la gramática de la época,  por lo que son una importante muestra de la Diplomática. Un importante acervo lo constituyen los mapas elaborados en épocas más tardías como el siglo XVIII, los cuales aportan información relevante
En la elaboración de estos nuevos manuscritos, en los que el papel europeo fue utilizado a la par que los antiguos soportes, la escritura fue incorporada para registrar los eventos de las nuevas autoridades. Fue así, como se produjo un vasto acervo de manuscritos en caracteres latinos escritos en algunas lenguas indígenas, en español o incluso en latín. Es precisamente este tipo de documentos, una de las materias primas del Proyecto Amoxcalli. El trabajo con los manuscritos requirió la elaboración de un documento de normas paleográficas que debieron seguirse por cada uno de los participantes, para ello fue importante la participación de Amelia Camacho y el Dr. Eustaquio Celestino, a la par que se nutrió de las aportaciones de los participantes en las reuniones colectivas del taller de paleografía.
Para cada uno de los expedientes o manuscritos se pidió a los investigadores responsables de los mismos, un texto de presentación del documento en el que se incluye sus características, la temática contenida, la información existente y la bibliografía del caso.
De los manuscritos, el programa Amoxcalli permite tener acceso a la imagen del facsimilar, a una segunda ventana de la paleografía y una tercera a la traducción en el caso de documentos en náhuatl. Las ventanas pueden combinarse para tener sobre la pantalla de la computadora dos de ellas, a elección del usuario.
Criterios de transcripción paleográfica  (*)
Los criterios de transcripción paleográfica y de traducción que enseguida presentamos fueron consensuados en el Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social en el “Taller Amoxcalli”, entre investigadores de distintas instituciones académicas de investigación superior, ya que este taller tuvo como objetivo principal el establecer los criterios generales más convenientes y adecuados para la publicación del acervo documental del Fondo Mexicano de  la Biblioteca Nacional de Francia (BNF), para su difusión y estudio por los investigadores interesados.
El objetivo general fue que al hacer la transcripción paleográfica, y en su caso, traducir de las diferentes lenguas, los estudiantes, investigadores y público interesado pueda acceder a estos documentos y consultarlos fácilmente. De los objetivos particulares, se intentó avanzar en la paleografía y traducción de los documentos que los investigadores del grupo documental se encontraban trabajando, así como, elaborar un manual que pudiese servir de guía tanto a los participantes en el Proyecto como a otros investigadores.
La paleografía nos permite conocer los distintos aspectos y características de los documentos, su evolución caligráfica y reconocer los tipos de grafías usadas en diferentes épocas (cortesana, procesal, itálica) entre otras. Pero también por su interpretación podemos acercarnos al proceso histórico de los grupos sociales, a partir del momento en que aparece su escritura sea, en el sistema de tradición indígena o en caracteres latinos.
(*)Propuestas paleográficas: Dr. Eustaquio Celestino Solís y Amelia Camacho.

Para los fines del taller, la transcripción se hizo respetando la sintaxis y la escritura original, en la lengua indígena o española, con cambios ortográficos de uniformidad necesarios; hasta cierto punto es literal, no modernizada, para evitar tergiversar el contenido de los documentos.
Estos criterios de transcripción paleográfica aquí observados, van de lo general a lo particular. Los generales se anotaron en la introducción del trabajo de cada documento y los particulares en nota de pie de página, según el caso, sin que esto signifique una imposición que limite la libertad de los autores.
Para la presentación del documento cada investigador realizó un breve estudio introductorio de acuerdo al  tema referido, en un espacio  de 10 cuartillas y como máximo de 15, en las que se señalaron:
1.- Repositorio en que se localiza el documento.
2.- Colección a la que pertenece.
3.- Temporalidad.
4.- Ubicación geográfica.
5.- Autor
6.- Tema
7.- Criterio para la transcripción.
Opcionales:
8.- Bibliografía.
9.- Relevancia Académica.
  Criterios paleográficos
Clasificación de los documentos
Cada documento tiene una presentación en francés y un registro propio que corresponde a la clasificación interna de la Biblioteca Nacional de Francia (BNF). Esta presentación en francés fue necesario traducirla, y se observó que no siempre corresponde al contenido  del documento original.
Ortografía
El acento, los puntos, las comas, puntos y coma, diagonales sencillas y dobles se conservaron.
Las palabras o letras agregadas van entre llaves, en ortografía moderna; ejemplo: n que de acuerdo al texto puede ser n[umeracion] o n[umero].

El uso indistinto de u, v, y b se conservó tal cual.

La ¡ (i prolongada) se cambia por j, en los casos que así se requería.

Las mayúsculas se usaron para topónimos y nombres propios.

Las letras dobles se conservaron, por ejemplo: cossa, Anna, entre otras.
 
Las palabras juntas o simplificadas, propias de la época, se conservaron, por ejemplo: della, quel, destotra, describano. Y en el caso de apellidos o topónimos, se separaron por iniciar con mayúsculas, por ejemplo: dAguilar por d{e} Aguilar, dEscobar por d{e} Escobar.

Las letras dobles del mismo tipo se simplificaron. Ejemplo: rretifico por retifico, rrey por rey, ssentancion por [pre]sentacion.

Cambio en el género de las palabras para mantener la concordancia en el texto. Ejemplo: “… a los yndios, las quales se hallaron…” , se cambia el artículo por los.  

Símbolos 
[ ] Corchetes
Se usaron para el desenlace de abreviaturas, por ejemplo: Ant° por Ant[oni]o, dho por d[ic]ho, yqc por yq[ua]c, con ortografía moderna.
Se usaron para la transcripción de la tilde ^ en [n], ejemplo: â, según el texto. 
{ } Llaves

1. Para las letras añadidas por inferencia, por ejemplo en : y{n}, pa{ra}.
2. Para la numeración de los párrafos, que facilitan el manejo de los textos. Los párrafos no debían cortarse palabras u oraciones de manera arbitraria, de preferencia se hizo en donde había puntos, diagonales u otros marcadores.
3. Para las foliaciones dadas por el investigador.
4. Cuando el investigador añadía, describía y mencionaba lo que aparece en el documento: textos al margen y sobre el renglón, signos, dibujos, planos, glifos, sellos, escudos, motivos gráficos, imágenes que aparecen en el principio o intercalados con los textos, para espacios y hojas en blanco.

Sic que indica tal cual y se usa para lo que se pensó que podían ser errores del escribano. En nota se añadió la manera correcta como debía escribirse.  
/ Diagonal
Entre diagonales sencillas van las letras, palabras o textos tachados y que es posible su lectura. Se usaron con puntos suspensivos (/…/) cuando la palabra o palabras son ilegibles, el documento está mutilado o manchado.
Para indicar el término de una línea si así lo creía conveniente el investigador, quien lo especifica en la presentación del documento.
¶ Calderón
No necesariamente  puede indicar nueva numeración del párrafo, pues también se usaron como adorno. Se dejó tal cual.  
_ (Tilde horizontal)
Esta tilde sobre vocales se transcribió como h o como n, según el caso. Por ejemplo: caxitl, a veces corresponde a una aspiración (h) o en calli en ca[n]lli, al igual que a en a[n].
^ (Tipo de tilde)
Esta tilde a veces funciona como n, y otras veces como simple adorno, por ejemplo en ônpa (se omite en este caso).
& (i, inglesa)
- Puede indicar etcétera, la conjunción y, ilación u otra cosa, se dejó tal cual.
Ç (c con cedilla)
Ante las vocales a, o,u, se sustituyen por z, y frente a la e, i, se dejó c; al igual que en las palabras como casa, según el caso.
Estos cambios se indican en la introducción del documento.
%
Este símbolo parecido a tanto por ciento, se utilizó como “ojo”, que es un llamado de atención en la lectura, no se transcribe como tanto por ciento.
Foliación
En las primeras fojas de los documentos del BNF se encuentran los datos clasificatorios en francés, sin foliación. El investigador les dio una foliación usando letras consecutivas de la “a” en adelante, registrada del lado izquierdo entre llaves. Ejemplo:
{f. a}
Manuscrit figuratif sur papier européen partie d'un manuscrit de 76 pages in folio
También se dio una propia a las fojas del documento original, para la cual se usarán números arábigos consecutivos. Se registra del lado izquierdo y entre llaves, indicándose sólo la vuelta de la foja.
La ó las foliaciones que aparezcan en el documento original, van del lado derecho sin llaves ni corchetes.
En la introducción se hizo la mención y descripción de las diferentes foliaciones que tiene el documento. Ejemplo:
{f. 116} 116
85 Se manda que el caudal de arcas paguen al correo de Almodovar los portes de las cartas del superintendente.
{f. 116v}
Contaduria y quincenales cada semana à la persona que las trae.
La letra “F” que indica foja, puede ser mayúscula o minúscula.

Numeraciones
Se describe en la Introducción la manera de cómo están escritas las cantidades y los signos que se utilizan en el documento.
Los números romanos se conservaron tal cual, por ejemplo, inicialmente el cuatro lo escribían IIII y después pasó a IV; lo mismo pasó con XXXX y CCCC, para XL y CD respectivamente.
En algunos casos las cantidades tienen una manera muy particular de registrar según el escribano, por ejemplo: 7 32” 77”,  se explica su equivalencia en nota (pesos, tomines y fanegas)
Si en el texto se numeran indican diferentes familias, casas o barrios y el paleógrafo desea añadir otra de manera aclaratoria, lo hará entre llaves.
Notas de pie de página
Se marcan con números arábigos consecutivos del uno en adelante.
Para señalar la diferencia de letra por el cambio de escribano.
En la traducción las notas se hicieron por separado, unas para el texto lengua indígena y otras para la traducción misma.
La variación en la escritura de nombres propios, topónimos o en otros, si es frecuente se indicó en la introducción y si es esporádico, con nota, por ejemplo: Xpoual y sus variantes pasan a Cristobal.
Los textos entre líneas o que aparecen al margen se mencionan en nota, o en el texto mismo, entre llaves, de acuerdo a la preferencia de cada investigador.
Braquigrafía: Abreviaturas
Se desataron las abreviatura, por ejemplo: q por q[ua] o q[ue], q' por q[ui] o q[ue], qz por q[ue] o q[uia]; Ju y Jn y sus otras formas por Ju[an] yJ[ua]n, respectivamente. Ju° en Juo[an].
Las abreviaturas se marcan con corchetes al desligarlas y si se repiten varias veces, sólo una vez se señala, omitiéndose las demás, lo cual se señala en la Introducción.
La abreviatura S† puede leerse como S[anto] o S[an] [cruz], refiriéndose a la palabra cruz, o en el caso de Vera† en Vera[cruz]. 
Traducción 
En la traducción se intentó mantener la cosmovisión indígena, esto es, respetar el sentido del texto al reflejar una idea, por lo que se requirió de un apego cercano, casi literal hasta donde ello fue posible, y no una traducción muy libre.
Se usaron mayúsculas para los topónimos y onomásticos (antropónimos).
Los onomásticos y topónimos se analizaron, explicaron o se tradujeron en notas al pie de página. Se usaron los referidos en el siglo XVI y entre paréntesis los nombres actuales.
Para las palabras en lengua indígena difíciles de traducir, se dió una posible traducción entre comillas y se explica en notas.
Los títulos, cargos, posición social, onomásticos, topónimos, gentilicios, dejarlos como están escritos, sin traducirlos, por ejemplo: pilli, tlahtoani, calpulli.
Los onomásticos dobles se escribieron por separado cuando los sustantivos están completos, por ejemplo: Tochin teuhtli, Cuahtli ichan; se escriben juntos cuando del primer nombre sólo aparece la raíz, por ejemplo: en esos mismos nombres Tochteuhtli y Cuauhtinchan.
El imperativo ma va unido a la siguiente palabra, porque funciona como prefijo, ejemplo: maquiza, que significa “que salga”.
En el estudio introductorio se mencionaron los cambios de antropónimos, no se modernizaron. Si al investigador le pareció importante hacerlo, lo hizo en nota.
De las palabras en español que se encuentran en un texto indígena, se cambió la ortografía, en los casos que así lo ameritaron para hacerlos comprensibles. Ejemplos: donya cambia a doña, gaficiro por cabecera, Xan Petolo por San Pedro, Xanantes por San Andrés, tepotados por diputados, u otras.
Metáforas
En náhuatl hay metáforas o expresiones simbólicas con dos ideas en una, por ejemplo: in atl, in tepetl (el agua, la comida) en “bastimento”, se tradujo en un solo concepto.